Unter den Osnabrücker Bischöfen Benno I. (1052 - 1068) und vor allem Benno II. (1068 - 1088) wurde auf den Resten einer Befestigung aus der Zeit der Sachsenkriege eine Burg- und Klosteranlage mit dem Namen 'Iburg' errichtet. Diese war Mittelpunkt des mönchischen Lebens im Bistum Osnabrück, die Burg bischöfliche Residenz und wichtigster militärischer und verwaltungsmäßiger Stützpunkt beim Aufbau des geistlichen Territorialstaats.

Der 'Flecken Iburg', die spätere Stadt Bad Iburg, entstand um die Wende des 12. und 13. Jahrhunderts. 1359 erhielt Iburg Stadtrechte verliehen. Um 1667 gab es 99 bewohnte Häuser. 1772 wohnten innerhalb des 'Flecken Iburg' 667 Einwohner. Im Jahr 1805 gab es 115 bewohnte Häuser.

1535/1536 waren die Anführer der Wiedertäufer in Münster, Jan von Leyden, Knipperdolling und Krechting, auf der Iburg eingekerkert, bevor ihnen der Prozeß gemacht wurde. 1575 und 1599 herrschte die Pest in Iburg. Bei Hexenverbrennungen 1583 starben in Iburg 20 Frauen.

Der erste protestantische Welfenprinz, der 1661 in Iburg einzog und vom Fürstbistum Osnabrück Besitz ergriff, war Ernst-August mit seiner Gemahlin Sophie von der Pfalz. Als eines von fünf Kinder wurde in Iburg am 30.10.1668 Sophie-Charlotte geboren. Diese heiratete am 08.10.1684 den späteren König von Preußen Friedrich III.. Als Sophie-Charlotte am 01.02.1705 mit erst 37 Jahren verstarb, ließ Friedrich III. zu ihrem Andenken das 1695 erbaute Schloß und die Wohnsiedlung "Charlottenburg" nennen.

Mit Berlin-Charlottenburg verbindet Bad Iburg heute eine Städtepartnerschaft.

1959 wurden Bad Iburg (wieder) die Stadtrechte verliehen.